Các cơ sở đào tạo của Bayern München, cho cả hai đội chuyện nghiệp và đội trẻ đều được đặt tại trụ sở ở München. Nó được coi là một trong những cơ sở đào tạo hiện đại nhất ở châu Âu. Kể từ năm 1949, Bayern sử dụng con đường Sabener để thành lập nơi tập luyện cho các cầu thủ. Năm 1970 việc xây dựng các văn phòng mới và sân tập dưới thời chủ tịch Neudecker bắt đầu. Ngày 17 tháng 5 năm 1971, nơi huấn luyện đã sẵn sàng. Lần đầu tiên trong lịch sử của câu lạc bộ, hai khu văn phòng câu lạc bộ và khu đào tạo đã được thống nhất thành một.

Có bốn sân cỏ, một trong số đó có hệ thống sưởi dưới lớp đất, một sân được thiết kế với bề mặt cỏ nhân tạo và một hội trường thể thao đa chức năng. Sau khi đóng cửa trường học München, Bayern mua các khu đất kế cận khu thể thao Dodds mà trước đây tổ chức bóng đá và sân bóng chày. Một sân cỏ bóng đá mới được thiết kế với mặt cỏ nhân tạo trên nền sân bóng chày trước kia.

Khóa đào tạo của Bayern bắt đầu mở cửa vào năm 1990 và được xây dựng lại sau khi mùa giải 2007-08 dựa trên đề xuất của huấn luyện viên Jürgen Klinsmann, người lấy cảm hứng từ các câu lạc bộ thể thao lớn khác nhau. Năm 2008, khu luyện tập mới này được hoàn thành với diện tích 250 mét vuông, sở hữu một gara đậu xe. Tòa nhà mới có chiều dài 95 mét, rộng 16 mét và cao 10 mét. Các gara đậu xe có sức chứa 270 chỗ đậu xe. Các khu lớn bây giờ gọi là trung tâm hoạt động thể thao bao gồm một phòng mát xa, phòng thay đồ, văn phòng của các huấn luyện viên, và một phòng hội nghị với các cơ sở sàng lọc để phân tích video. Một quán cà phê, một thư viện, một phòng học, và một phòng họp các thành viên.

Tọa lạc tại trụ sở cũng là học viện thanh thiếu niên, sẵn sàng thu nhận các tài năng trẻ đến từ bên trong, ngoài thành phố như một phần của đội trẻ Bayern. Tai đây, họ có thể luyện tập ở đó và phát triển tài năng của họ để sau này trở thành một cầu thủ bóng đá. Cựu thành viên của học viện có thể kể đến như Philipp Lahm, Bastian Schweinsteiger, Thomas Müller, Toni Kroos hay Mats Hummels.

Năm 2006 Bayern mua một khu đất gần sân Allianz Arena với mục đích xây dựng một học viện thanh thiếu niên mới. Trong năm 2015, dự án, ước tính trị giá 70 triệu euro được bắt đầu. Nguyên nhân chính của dự án là các cơ sở hiện tại quá nhỏ và câu lạc bộ cần sự nâng cấp để thành công hơn, tăng khả năng cạnh tranh với các câu lạc bộ của Đức hay các giải Cup châu Âu khác ở cấp độ trẻ. Cơ sở mới dự kiến ​​sẽ mở vào mùa 2017-18.